A lo largo de la época medieval, el románico se transformó en un nuevo estilo: el gótico. Esta corriente artística nació en Francia en el siglo XII y se extendió por todo el continente europeo. En Cataluña, la principal impulsora fue la orden del Císter.
La orden del Císter, que seguía la regla de san Benito —basada en el trabajo, la oración y el estudio— fue uno de los núcleos difusores más importantes del gótico en Cataluña. El estilo cisterciense era la antítesis
de su antecesor, el arte benedictino, que buscaba la naturalidad y la simplicidad geométrica.
A lo largo del siglo XII, en Cataluña, se fundaron los monasterios cistercienses de Poblet (1150), Santes Creus (1160) y Vallbona de les Monges (1157). Estos centros de espiritualidad, de plegaria y de estudio fueron el máximo exponente del arte cisterciense en Cataluña. Sin embargo, su labor iba más allá de la religión: apoyaron al poder real en las disputas contra los nobles y ejercieron de motor económico en la Cataluña Nueva, al desplegar la colonización agraria. Los monasterios eran, de hecho, grandes haciendas agrícolas y talleres de manufactura. También hacían las veces de hostales, de hospitales y de residencias reales.
Arquitectónicamente, los edificios del Císter destacan por la verticalidad y la linealidad. El llamado arte cisterciense se enmarca en una etapa intermedia entre el primer arte gótico y el gótico clásico. Es una arquitectura funcional, que busca la utilización racional de los elementos y las técnicas más económicas y útiles.
La estructura de un monasterio cisterciense se basa en el capítulo LXVI de la regla de san Benito: el monasterio tiene que disponer de todo lo necesario para los monjes, para evitar que éstos tengan que salir al exterior. Así, en el monasterio se encuentra la iglesia, como centro de recogimiento y oración; la sala capitular de reunión de la comunidad monástica; y el refectorio y el dormitorio, que eran piezas clave de la vida monástica en comunidad, ya que favorecían y reafirmaban la unidad fraternal.
En un monasterio cisterciense también hay un claustro, un patio porticado por los cuatro lados que articulaba todos los espacios funcionales; y el locutorio, donde el prior distribuía los trabajos de la jornada. Finalmente, la cocina era el único punto con una chimenea encendida durante el invierno. Además, el edificio acogía bodegas, talleres, almacenes, estancias de conversos y hospedería. En el monasterio de Poblet, la iglesia es de planta basilical y cruz latina, tiene tres naves y crucero, ábside poligonal y siete capillas laterales. La nave central es de estilo románico, cubierta por una bóveda de cañón. Las dos naves laterales son la del Evangelio, cubierta por una simple bóveda de crucería, y la de la Epístola, de estilo gótico. A la entrada de la iglesia está el atrio o galilea con sus dos altares: el del Santo Sepulcro y el del Calvario. Pero lo más destacable, aparte del retablo renacentista de Damià Forment de 1527, es el panteón real. Los primeros reyes que escogieron el monasterio de Poblet como sepulcro fueron Alfonso I el Casto, protector del monasterio, y su nieto Jaime I. No obstante, no fue hasta unos años después, con Pedro el Ceremonioso, que el monasterio se convirtió en el panteón real de los monarcas de la Corona de Aragón: todos los reyes tenían que jurar que serían enterrados en Poblet en el momento de su coronación. Con el reinado de Fernando el Católico, sin embargo, esta costumbre fue abolida, ya que el rey quiso recibir sepultura en Granada, al lado de su mujer, Isabel I de Castilla.
En la época medieval existía la costumbre de enterrar dentro de recintos sagrados, iglesias, catedrales y monasterios. Los motivos no eran tan sólo de carácter religioso —se buscaba la protección del santo y no ser olvidado por los vivos en las plegarias—, sino que también era una cuestión de privilegios. Para los monasterios, significaba prestigio y era una importante fuente de ingresos. Además, en la sociedad feudal, el panteón real era un reclamo simbólico. El monasterio era un escaparate en el que los sepulcros, bien visibles, expresaban una jerarquía y unas relaciones de poder. Hay que destacar que las sepulturas monumentales, como las crónicas reales, eran una manera de no caer en el olvido, una manifestación de inmortalidad.
En el panteón del monasterio de Poblet, a la derecha, se encuentra la tumba de Alfonso el Casto, la de Juan I y sus dos esposas: Marta de Armagnac y Violante de Bar, y un tercer sepulcro con Juan II y Juana Enríquez. En el lado izquierdo se hallan las tumbas de Jaime I el Conquistador, Pedro el Ceremonioso, sus tres esposas: María de Navarra, Leonor de Portugal y Leonor de Sicilia, y la tumba de Fernando I de Antequera. Al lado de ésta se encuentra la de Alfonso V el Magnánimo, y en el extremo del crucero se sitúa el sepulcro de Martín I el Humano.
El monasterio de Santes Creus, en la población de Aiguamurcia, cerca del río Gayá, dispone de iglesia y cimborrio, dos claustros, un palacio real, las dependencias del cenobio y el cementerio. Pere de Valldaura lo fundó en 1150, pero no fue hasta 1160 cuando se hizo efectiva la donación del linaje de Cervelló de las tierras de Santes Creus. Fue Jaime II el Justo quien transformó el altar mayor de la iglesia en un mausoleo real. En la fachada principal de la iglesia hay un portalón románico con un gran ventanal gótico. La planta es de cruz latina y en el altar mayor se alza un retablo de Josep Tremulles (1647-1679) y un gran rosetón. Además, dispone de tres grandes naves y cinco capillas abaciales.
Junto al altar mayor se encuentra la tumba de Pedro el Grande (1299) —en 2010, un grupo de expertos pudo exhumar y extraer el féretro intacto del monarca para ser estudiado—, Jaime II y Blanca de Anjou. Las tres tumbas se restauraron en julio de 2010. A los pies de la tumba del rey Pedro II se encuentra, también, la tumba del almirante Roger de Llúria, que pidió que se le enterrase a los pies de su señor.
El cenobio convertido en panteón real por Pedro II fue fortificado durante la segunda mitad del siglo XIV. El monasterio conserva dos claustros —el mayor es de estilo gótico y reemplazó a uno anterior románico—, con numerosas sepulturas de linajes nobles. En torno a él se distribuyen las diferentes dependencias. El aula capitular románica contiene las tumbas en relieve de abades del monasterio. El claustro posterior, mucho más sobrio, es rectangular y acoge la cocina, el refectorio del siglo XVII, y el Palacio Real -posiblemente construido por Jaime II y reconstruido y ampliado en el siglo XIV como palacio abacial-. También son parte importante del conjunto del monasterio la bodega y el escritorio. Destacan, asimismo, el cimborrio gótico coronado por una linterna barroca y la torre de las Horas, del siglo XVI.
Con la desamortización del siglo XIX se produjo la exclaustración definitiva de los monjes y el monasterio, actualmente, a diferencia de Poblet y Vallbona de les Monges, no tiene vida monástica. Los restos reales se depositaron en una bañera de pórfido de época romana proveniente del Palatino de Roma, uno de los once ejemplares que quedan en toda Europa. Encima hay una urna esculpida con motivos florales y religiosos y todo el conjunto se encuentra dentro de un templete formado por columnas que sostienen una bóveda y cuatro pináculos. Las primeras noticias del monasterio de Vallbona de les Monges son de 1153, pero no fue hasta el año 1176 cuando se integró plenamente en la orden del Císter. Puede considerarse el cenobio cisterciense femenino más importante de Cataluña y uno de los más destacables de Europa. En origen, era una agrupación mixta de ermitaños regidos por el fundador, Ramon de Vallbona, que seguían la regla de san Benito. En 1175 los hombres se trasladaron al Montsant y en Vallbona sólo quedaron las monjas, que se incorporaron a la orden del Císter. Alfonso I el Casto y la reina Sancha, y los reyes Jaime I y Alfonso el Sabio, de Castilla, se hospedaron en este monasterio exclusivamente femenino.
A partir del siglo XIII, Vallbona se convirtió en una escuela monacal, donde recibían formación las hijas de la nobleza catalana. En el escritorio, las monjas se dedicaban a copiar y ornamentar los códices y aprendían gramática, liturgia, caligrafía, miniatura, música y a tejer y bordar. El monasterio ha conservado la comunidad durante más de ocho siglos, exceptuando los periodos de conflicto bélico.
Arquitectónicamente, destacan los dos cimborrios góticos, el mayor de los cuales reposa completamente sobre la nave de la iglesia. El cimborrio y campanario en forma de linterna octogonal acabada en pirámide, de gran belleza, es un ejemplar único de la arquitectura medieval. El interior del templo es de una gran simplicidad. A la derecha del coro, tocando a la reja, está la capilla de Corpus Christi. De este altar provienen los dos impresionantes antipendios de mediados de siglo XIV, de tema eucarístico, que ahora se conservan en el Museo Nacional de Arte de Cataluña en Barcelona. Preside esta capilla una imagen gótica, esbelta, de la Virgen del Coro de piedra policromada, obra de Guillem Seguer. Dentro de la iglesia, a la derecha del altar, se hallan las tumbas de Violante de Hungría, mujer del rey Jaime I y benefactora del monasterio, que pidió ser enterrada allí, y también la de su hija Sancha de Aragón, muerta en Acre. El monasterio de Vallbona dispone de una de las mejores colecciones de escudos de la nobleza catalana esculpidos en las tumbas de la sala capitular.